El primer artículo de la Constitución de la República establece a Honduras como un Estado de Derecho y un Estado democrático, por lo que subyace el hecho que debe de existir la separación entre la Iglesia y el Estado.
Artículo 1. Honduras es un Estado de Derecho, soberano, constituido como República libre, democrática e independiente para asegurar a sus habitantes el goce de la justicia, la libertad, la cultura y el bienestar económico y social.
La separación de Iglesia y Estado es el concepto legal y político por el cual las instituciones se mantienen separadas y la Iglesia no interviene en los asuntos públicos del Estado. En virtud de que ambas instituciones tengan autonomía para tratar los temas relacionados con sus esferas de influencia. La separación de Iglesia y Estado no existe en los denominados países teocráticos como Irán, donde su Constitución se basa en el Corán. Honduras, a pesar que se denomine un Estado democrático, no practica o ejerce el concepto de separación de Iglesia y Estado.
Una de las causas del arraigo de la religión en la sociedad hondureña viene desde la conquista española. No solo fueron razones económicas las que propiciaron la conquista, sino también religiosas. Los españoles querían traer la religión católica al Nuevo Mundo, aunque fuese de manera forzosa. El movimiento evangélico empezó en Honduras después del gran impulso en los siglos XVIII y XIX en Estados Unidos y el Reino Unido. Post la independencia en 1821, la influencia española todavía era prominente en la política hondureña, incluso después de la caída del imperio español. Existía una división entre los conservadores y liberales en la población políticamente activa. Los conservadores favorecían un gobierno más centralizado y una política pro clerical, que incluía un monopolio de la iglesia sobre la educación; y una forma de gobierno más aristocrática basada en los valores tradicionales españoles. Por otra parte, los liberales querían una mayor autonomía local y un papel restringido para la iglesia. El desarrollo político y económico eran temas de sumo interés para ellos. Esto sigue presente en la política hondureña pero se ha transformado en un debate de política derecha e izquierda. La Iglesia Católica apoya políticas de derecha mientras la Evangélica tiene más afinidad a políticas de izquierda. Desde ese entonces, la sociedad hondureña es altamente religiosamente dividida en católica/evangélica.
El propósito de la Iglesia Católica en Honduras (y en otros países católicos) es de influenciar a la sociedad con los principios y morales que predica esta misma como la paz, el respeto al prójimo, la unión familiar, etc. Pero actualmente, ese no es su único papel en la sociedad hondureña. La Iglesia Católica trabaja en conjunto con el Estado, ya sea como asesores en Secretarías del Estado, participan activamente en el ámbito político y discuten abiertamente acerca de los problemas sociales y políticos del país.
Varias figuras de la Iglesia Católica y Evangélica se presentan a foros políticos y programas televisivos políticos para expresar su opinión acerca de temas gubernamentales, así como lo hace la sociedad civil y la clase política. Además, se presentan a secretarías e instituciones estatalespara promocionar los principios cristianos, ignorando las causas y consecuencias realísticas del país. Por ejemplo, en el sector educativo optan por la enseñanza de abstinencia ignorando la importancia de la educación sexual para niños. En los medios de comunicación se expresan libremente acerca de asuntos públicos para poder influenciar a la sociedad hondureña. Recientemente, el Congreso Nacional introdujo una iniciativa para reformar la Ley Electoral y permitirle a los pastores y líderes religiosos a buscar posiciones en cargos de elección popular. Los líderes religiosos aclaman que son hombres de Dios y que tienen las mejores intenciones para solucionar los problemas actuales que sufre el país.
La Iglesia Católica y la Evangélica tienen el poder de influenciar al pueblo porque al ojo del hondureño son las dos instituciones más confiables del Estado. Esto se convierte en una ventaja para los políticos. Recientemente, se mira un patrón de discurso religioso en los políticos, en donde ellos hacen referencia a Dios y a Jesucristo como su guía espiritual. Esto lo hacen para ganar los votos de las personas católicas/cristianas en Honduras, que en porcentaje es más del 70% de la población. La Iglesia Católica/Evangélica se fruta de esta relación con el Estado por los beneficios fiscales que ellos le proveen.
La consecuencia de la participación de la Iglesia en el gobierno es el estancamiento de problemas sociales como el matrimonio igualitario, el aborto y el movimiento feminista. Cuando se introducen leyes donde se favorece a estas personas y movimientos sociales el Congreso Nacional las rechaza sin pensar en el beneficio. Cuando la religión se encuentra tan marcada en la política eventualmente se reprimen y limitan algunos derechos humanos inalienables. Debe de existir una separación de lo religioso y lo político para desarrollar un respeto a quienes practican cualquier religión y a los que no practican ninguna.
Definitivamente no existe la separación de Iglesia y Estado en Honduras porque el Estado le otorga poder a la Iglesia y en cambio, el Estado se beneficia de la confianza que la población tiene hacia ella. No se puede hablar de un progreso y desarrollo social en el país hasta que exista la separación de ambas instituciones. El Papa Benedicto XVI dijo, “el cristianismo fue, desde sus comienzos, una religión universal y, por tanto, no identificable con un Estado, presente en todos los Estados y distinta de cada uno de ellos. Para los cristianos, ha sido siempre claro que la religión y la fe no están en la esfera política sino en otra esfera de la realidad humana… la política, el Estado, no es una religión, sino una realidad profana con una misión específica.”